Hm, wenn ich Deinen Versuchsaufbau richtig verstehe, könnte es sein, daß die Flügelblätter, die wahrscheinlich schwarz sind, nicht genug reflektieren. Evtl wirft deren Schrägstellung das IR-Licht der Quelle in eine falsche Richtung zurück? Versuch doch mal, den Sensor senkrecht zu der Battstellung zu positionieren und die LEDS so hinzubiegen, daß ein Maximum in die Empfänger LED reflektiert werden kann? Evtl dafür etwas mit dem Abstand spielen. Ein Reflektor auf einem Blatt wäre sicher hilfreich, macht ja aber wegen der entstehenden Unwucht keinen Sinn.
Wahrscheinlich wirst Du sonst wohl durch den Lüfter messen müssen, also auf einer Seite die IR-Quell-LED, auf der Anderen die Empfänger-LED.
Edit: Frage, ist der Sensor denn überhaupt schnell genug? Und für was ist der Trimmer da? Und natürlich, was sind das für Lüfter? Zeig doch mal Bilder.